敦煌站距离敦煌市区4.5公里，位于既有国道和北侧敦煌铁路线路之间的下凹地，南面正对通往莫高窟的公路，为兰州铁路局管辖的车站。

车站建筑面积10865平方米，设有2个站台、8条到发线，接发旅客能力8000人。目前为敦煌铁路尽头站，日均办理旅客列车6列。