樟木头东站站房主体建筑面积3707平方米，站台层面积3893平方米，主体结构为站桥合一钢筋混凝土框架结构，设计使用年限为100年，抗震设防烈7度，结构安全等级为一级。车站采取路侧高架站设计，共上下两层，二楼为站台层，采用线下式与下进下出的旅客流线形式，和两台夹两线的布置形式，设有雨棚、安全门、无障碍垂直电梯及手扶电梯。一楼为站厅层，设有进出站大厅、售票室、自动售票区、公安值班室、旅客服务区、卫生间和饮水间及办公用房。