玉门站始建于1956年，2013年11月，位于玉门东镇的原玉门站改名为玉门东站，位于玉门镇的原玉门镇站改名为玉门站。玉门站等级为二等站，邮政编码735201，隶属兰州铁路局管辖。车站离玉门南站32公里(玉门南线)离兰州站803公里，离乌西站1109公里(兰新线)。