商南站为三等站，设有2座站台、4股道，职工35名。车站客运量每月约5400人，货运量每月约8400吨，其中以发送当地盛产的镁橄榄石、金红石、钾钠长石、水晶、钒以及石英、石榴子石等矿产为主。