连云港东站原为中云站，始建于1935年。1987年，为满足连云港港务局和连云港碱厂的运输需要，中云站扩建为陇海铁路与港口铁路专用线、碱厂铁路专用线的交接站。2006年东陇海铁路电气化改造工程开始，中云站改造扩建客运站。2009年11月11日，中云站更名为连云港东站，成为东陇海铁路客运始发终到站，原连云港东站更名为连云站，停止办理客运、行包业务。