昆山南站，位于既有沪宁线以南、沪宁高速公路以北，长江路西侧，距离既有昆山站1.7km，与沪宁城际并站建设。昆山南站为线上式站房，站房的设计构思由“并蒂莲”演化而成。该建筑屋面呈现“圆润流畅”的形态，中间高，两侧低的造型形成高低起伏的整体形态，优美而富有流动感，犹如莲花一般，具有鲜明的地域特征。站房屋面分中心站房雨棚和两侧站房雨棚两部分，屋面面积约3.8万平方米。车站设4站台12线，其中正线4条，到发线8条，站台为四个岛式站台。