哈密南站位于哈密市花园乡强固村，在哈密市污水处理厂以南100米处，东临哈罗公路，距市区约7公里，距闹市区领先广场约10公里，距现在的哈密火车站直线约7公里，公路曲线约13公里，在现哈密车站的西南方向。