当涂东站为线侧下式中型旅客车站，站房建筑面积4926平方米，站房地上二层，局部地下一层，主站房建筑高度为14.7米，站房长1191米、宽38米。采用两台四线的设计，其中到发线两条，正线两条，是宁安城际铁路过路站。